Το Επιχειρησιακό Σχέδιο του Ιδρύματος αποτελεί τον ετήσιο οδικό χάρτη με τον οποίο το ΕΛ.ΙΔ.Ε.Κ. πορεύεται το αντίστοιχο έτος. Στόχος του είναι να τονίσει τον χαρακτήρα και τους σκοπούς του ΕΛ.ΙΔ.Ε.Κ., καθώς και να επικαιροποιήσει και να θέσει τους στόχους και τις προτεραιότητες του Ιδρύματος για το εκάστοτε έτος.