Με βάση την πολιτική του Ευρωπαϊκού Χώρου Έρευνας (ERA), την κατεύθυνση που ορίζει το πρόγραμμα Horizon Europe καθώς και το εθνικό και διεθνές θεσμικό πλαίσιο αναφορικά με την έμφυλη ισότητα, η ΓΓΕΚ συνέταξε Σχέδιο Δράσης για την Ισότητα των Φύλων (ΣΔΙΦ), το οποίο δομήθηκε πάνω σε πέντε άξονες, οι οποίοι καταδεικνύουν τις προτεραιότητες του φορέα για την προώθηση της ισότητας των φύλων. Για κάθε άξονα έχουν προβλεφθεί στρατηγικοί στόχοι, δράσεις, χρονοδιάγραμμα, αρμόδιο προσωπικό καθώς και δείκτες παρακολούθησης της προόδου κατά την εφαρμογή του ΣΔΙΦ.
Η 1η έκδοση του ΣΔΙΦ αφορούσε το χρονικό διάστημα 2022-2025. Η τρέχουσα 2η έκδοση, αφορά το χρονικό διάστημα 2022-2027 και αποτελεί αναθεώρηση του 1ου ΣΔΙΦ, ώστε να ανταποκρίνεται καλύτερα στο περιβάλλον της ΓΓΕΚ και σύμφωνα με τα σχόλια της Επιτροπής Ισότητας Φύλων (ΕΙΦ) που συστάθηκε στην ΓΓΕΚ. Η 2η έκδοση του ΣΔΙΦ εγκρίθηκε με την υπ’ αριθμ.: 60127/30-07-2025 (ΑΔΑ: 6ΗΖΡ46ΝΛΣΞ-ΒΜ2) απόφαση του Γενικού Γραμματέα Έρευνας και Καινοτομίας.
Επισημαίνεται ότι το ισχύον Σχέδιο Δράσης της ΓΓΕΚ εναρμονίζεται πλήρως με το Εθνικό Σχέδιο Δράσης για την Ισότητα των Φύλων (ΕΣΔΙΦ) 2021-25 το οποίο διαμόρφωσε το Υπουργείο Εργασίας και Κοινωνικής Ασφάλισης και στο οποίο περιλαμβάνονται δράσεις του Υπουργείου Ανάπτυξης που εμπίπτουν στον τομέα της Έρευνας και Καινοτομίας.
Το ΣΔΙΦ διαμορφώθηκε και παρακολουθείται με την ευθύνη του Τμήματος Γ΄ Σχεδιασμού Δράσεων Καινοτομίας της Διεύθυνσης Σχεδιασμού και Προγραμματισμού Έρευνας και Καινοτομίας.